Sim e não.
Primeiro, o link em que você clicou para instalar uma extensão foi codificado, especificamente (eu acho) para o gnome 3.2 como um método para instilação. Então, nesse sentido, é um site "confiável".
Segundo, as extensões gnome são scripts de usuário, armazenados apenas para o usuário. Eles não têm acesso a nenhuma informação que o usuário não tenha acesso. Então, por exemplo, não pode haver extensões do shell para gravar arquivos em /.
Em terceiro lugar, os navegadores não foram modificados, mas o shell do gnome foi.
Basicamente, o método de instalação não é menos seguro, fornecendo-lhe um arquivo tar.gz e dizendo para você extraí-lo manualmente em seu diretório pessoal. Em vez disso, as extensões individuais são seguras é uma decisão que você precisa tomar caso a caso. No entanto, o gnome.org é um site legítimo, assim como o subdomínio de extensões.