Recentemente, encontrei uma solução simples para isso: remover todos os arquivos relacionados à nvidia * usando:
sudo apt-get purge nvidia*
sudo apt-get purge bumblebee*
sudo apt-get update
E, em seguida, usando "Drivers adicionais" do Dash, selecionei "Usando o driver binário Nvidia - versão 331.38 da nvidia-331 (proprietária, testada) e selecione" Aplicar alterações "para confirmar.
Um pequeno download mais tarde, eu pude rodar o glxgears com 4 vezes o framerate que já recebi com o Intel HD 3000.
Embora isto não seja uma solução para o meu problema, ainda assim me permite usar minha GPU da Nvidia, então eu acho que vou usar isso por agora até obter uma solução satisfatória para o bumblebee.