Uma boa maneira de lidar com a corrupção de arquivos é usar 'debsums' (consulte estas instruções e também esta ótima resposta ), embora eles estejam começando com um sistema que não é de inicialização ) que irá descobrir quais arquivos estão corrompidos; então você pode reinstalar apenas esses pacotes.
Seu comando de reinstalação é seguro, mas não é garantido que ele conserte tudo o que pode ter sido causado por um erro de hardware.
Você também pode querer forçar um fsck ou executar uma varredura badblocks
. Você pode fazer os dois de dentro do utilitário de disco.