Possible Duplicates:
Prevent Unity from auto-maximizing
How to keep programs from launching maximized? 11.04
Por que o Firefox 4 e o Evolution sempre se abrem maximizados no Unity? Mesmo depois de fechar o programa em janelas. Isso é um bug?
Existem duas coisas a considerar.
Todas as aplicações que se abrem com um tamanho inicial > 75% da área da tela será automaticamente otimizada.
Há alguns bugs conhecidos sobre alguns aplicativos, até mesmo em tela cheia fechada (tela cheia e não maximizada), onde eles não podem ser restaurados facilmente. Consulte o link
Alguns aplicativos sempre serão abertos maximizados no Unity. É algo a ver com o tamanho inicial: se eles ocuparem mais de X da tela, eles serão maximizados (não sei ao certo qual é o valor de X).