Atualizações não assistidas são executadas pelo script apt-compat (Ubuntu 14.04 ou mais antigo: apt ) em /etc/cron.daily .
Assim, você poderia apenas editar seu /etc/crontab para executar cron.daily em uma hora diferente do dia ou movê-lo para um cronjob personalizado.
O script contém funções para dormir um curto período de tempo "aleatório" (0 a 30 minutos) antes de executar /usr/lib/apt/apt.systemd.daily , que você pode editar se quiser.