Eu estava tendo o mesmo problema em 12.10. Tudo funcionou bem em 12.04, mas o problema começou quando eu atualizei para 12.10 ontem.
Eu percebi que eu estava apenas entendendo mal o texto das configurações 12.10 Brightness and Lock. Existem duas partes. "Desligue a tela quando estiver inativa por:" x minutos, o que determina quando a tela é desligada. Em seguida, "Bloquear tela após:" x minutos determina quanto tempo após a tela ser desativada para ativar o bloqueio de tela. Então você tem que adicionar os dois tempos para obter o tempo total após o qual a tela será bloqueada. Espero que isso ajude.
Encontrei a solução aqui: link