Você pode usar o Handbrake.
% bl0ck_qu0te%Para instalar, basta pressionar Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando se abre, execute o (s) comando (s) abaixo:
sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releases
sudo apt-get update
sudo apt-get install handbrake-gtk
Ou você pode usar o Synaptic para instalá-lo.
Para converter mMP4 em MKV, siga os passos abaixo:
Clique no ícone do filme, para escolher o arquivo MP4 a ser convertido.
Cliquenoarquivoparaselecioná-lo
Verifique se o tipo de saída é mkv e, em seguida, clique no botão verde para iniciar a conversão.