A maneira mais fácil de fazer o que você quer, com seus recursos de dois discos rígidos e um pendrive, onde um disco rígido já tem o Ubuntu instalado:
- Apague o dispositivo USB e prepare-o como uma instalação USB do Windows.
- Desligue o computador e desconecte-o.
- Abra o computador e desconecte o disco rígido do Ubuntu.
- Coloque o novo disco rígido no compartimento e conecte todos os fios.
- Instale o Windows como se você tivesse apenas um disco rígido, o segundo.
- Desligue o computador e desconecte-o novamente.
- Reconecte o disco rígido do Ubuntu. Mantenha o disco rígido do Windows conectado também.
- Inicie o computador e entre no BIOS.
- Verifique se o disco rígido do Ubuntu é o primeiro na lista de discos para inicialize, salve as configurações da BIOS e reinicie o computador.
- O computador inicializará diretamente no Ubuntu. Isso é normal.
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No Ubuntu, abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite:
sudo update-grub
Isso adicionará a opção de escolher entre o Ubuntu e o Windows na tela do GRUB. A tela do GRUB será exibida toda vez que você iniciar / reiniciar o computador.
Espero que isso ajude