Consegui instalá-lo mais tarde. Aproveitei a ajuda do link . Eu usei o seguinte código
cd pyhdf-0.9.0
export INCLUDE_DIRS=/usr/include/hdf
export LIBRARY_DIRS=/usr/lib
export NOSZIP=1
python3 setup.py install
sudo python3 setup.py install
A única coisa que precisamos fazer para instalá-lo em python3 é escrever python3 em vez de python