Depois de fazer mais pesquisas, encontrei a causa raiz do problema:
Primeiro eu tenho que acrescentar que o problema aconteceu ao rodar Lubuntu ou Debian em uma máquina virtual, como quando tentamos em um laptop baseado em Lubuntu, tudo funcionou bem.Então eu fui em frente e desativei a aceleração 3D nas configurações da minha VM do VirtualBox.
Depois disso, o atom funcionou sem falhas nas minhas caixas VM. Eu não tenho certeza se este é um bug de um átomo ou um do Virtualbox, mas desde que funcione eu não tenho mais perguntas.
Obrigado pela sua ajuda.