Abra o arquivo gnome-shell.css
em /usr/share/themes/Arc-Dark/gnome-shell/
e edite a classe .app-menu-icon
. Altere a largura e a altura de 0
para 100%
. Ajuste também o preenchimento, se necessário.
Agora deve funcionar perfeitamente.
Fonte: Comentário por OP (deveria ter sido postado como resposta)