O que é firewall usado no servidor: Ufw ou Itables: O primeiro, Com o firewall ufw você pode permitir o mysql do port com o comando:
sudo ufw allow from any[Maybe IP] to any port 3306
Segundo, com os firewalls que você permite com o comando:
iptables -I INPUT -s 192.168.241.41 -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 3306 -j ACCEPT && /etc/init.d/iptables save
Depois de verificar a porta com netstat e telnet do cliente:
netstat -tulpn |grep 3306