Alguns blogueiros escreveram uma ferramenta GUI que remove automaticamente as entradas duplicadas do banco de dados do rhythmbox (sem tocar nos arquivos reais):
sudo apt-get install python-tk
wget -P /tmp blog.tappir.com/rhythmboxRemoveDuplicates.py
chmod +x /tmp/rhythmboxRemoveDuplicates.py
python /tmp/rhythmboxRemoveDuplicates.py
Referência: link