Eu inesperadamente recebi uma resposta do suporte do virsh dizendo que eu poderia realmente desabilitar o libvirt-guests, que eu não sabia que era possível.
systemctl desabilita o libvirt-guests
Funciona como um encanto !!!
No entanto, ainda não sei a causa raiz, mas pelo menos agora posso reinicializar / desligar sem problemas.