'sudo apt-get dist-upgrade' / 'autoremove' Corrupção confiável do sistema de arquivos e inicialização

Question

Eu tenho uma configuração de inicialização dupla usando o Ubuntu Mate 17.04, totalmente corrigida e atualizada. (O outro sistema operacional, Windows 10, foi instalado primeiro. Depois, o Ubuntu foi instalado usando as opções padrão em segundo lugar.)

No entanto, recentemente, sempre que sudo apt-get dist-upgrade é executado de maneira não trivial (ou seja, tentando instalar algo), uma seqüência curiosa de eventos acontece:

1. Os primeiros dois comandos serão impressos, aparentando ter sucesso.
2. O restante falhará com erros estranhos sobre um sistema de arquivos somente leitura e a operação será abortada.
3. A inicialização agora falha. Às vezes, posso fazer com que ele inicialize no Windows, mas a inicialização no Linux falha ou cai em um shell de recuperação.
4. inicializo usando uma unidade de recuperação USB.
5. gparted dá avisos estranhos sobre um superbloco ruim. Eu vou consertá-lo (apenas o último comando é necessário, mas os dois primeiros me dizem o que fazer):
   • sudo fdisk -l | grep Linux | grep -Ev 'swap'
   • sudo dumpe2fs /dev/nvme0n1p6 | grep superblock
   • sudo fsck -b 32768 /dev/nvme0n1p6 -y
6. Imprime muito lixo e números negativos e diz que muda as coisas.
7. Reinicia o verdadeiro Linux.
8. sudo apt-get dist-upgrade agora é executado até a conclusão sem erros estranhos.
9. Reinicie para qualquer um dos sistemas operacionais.
10. sudo apt-get autoremove para remover kernels antigos do Linux.
11. A reinicialização falha. Corrija novamente usando as etapas 4 a 7.

O que é estranho é que isso é repetitivo (essa sequência aconteceu nas últimas três vezes que tentei dist-upgrade), e isso não acontece com outras operações.

Minha suspeita é que o Ubuntu está atualizando o superbloco incorretamente ao tentar atualizar o gerenciador de inicialização para cada kernel Linux atualizado. Coisas que eu descartei provisoriamente:

• Não é o Windows, por si só. A corrupção acontece sem nunca iniciar no Windows. O Linux pode estar ficando confuso com o esquema de inicialização, no entanto.
• Não é o disco rígido. O drive é um SSD quase novo, e a primeira vez que isso aconteceu, verifiquei a superfície da unidade procurando por blocos defeituosos. Em qualquer caso, a unidade HW remapearia o bloco defeituoso uma vez descoberto e não corromperia o superbloco novamente.

Minha pergunta: O que posso fazer para corrigir isso? Caso contrário, o que eu devo olhar, log-wise, config-wise na próxima vez que isso inevitavelmente acontecer, para que possa ser depurado?