Existem várias maneiras de limpar os kernels não usados ou obsoletos.
Se tudo o que você tem é o terminal, dê uma olhada nesta postagem Como faço para remover versões antigas do kernel para limpar o menu de inicialização?
Pessoalmente eu uso o synaptic para garantir que todos os meus pacotes estejam atualizados, você pode querer examiná-lo também depois de ordenar sua partição de inicialização.