É provável que isso aconteça porque a atualização está sendo executada automaticamente ou você a está executando em algum outro lugar (você saberia sobre isso). Você pode alterar a frequência com que é executado automaticamente e também impedir que ele seja executado automaticamente executando o seguinte:
sudo dpkg-reconfigure clamav-freshclam
Após concluir a configuração, você poderá executar sudo freshclam
sem erro (a menos que você o defina como cron
e execute o comando no momento em que verificar automaticamente).