Encontrei uma solução, mas ainda não entendi o problema. Eu acho que tem a ver com quando o pendrive USB é montado, se na inicialização do sistema ou quando o Gnome inicia.
Por isso, desativei a automontagem do Gnome (informações aqui: link ) desmarcando as opções em org. gnome.desktop.media-handling no dconf-editor.
Depois eu adicionei as entradas para fstab para obter o USB pendrive montado na inicialização do sistema (algumas informações aqui: link ).