Sugiro que você leia: link
Você pode fazer o dump de diferentes bancos de dados com: mysqldump [options] --databases DB1 [DB2 DB3 ...]
Você só precisa adicionar um cronjob para cada banco de dados:
37 4 * * * root /usr/bin/mysqldump -u root -p<mysql-password> --databases database1 > /usr/backup/mysqlbkup/databases1.sql
38 4 * * * root /usr/bin/mysqldump -u root -p<mysql-password> --databases database2 database3 > /usr/backup/mysqlbkup/databases2_3.sql
É claro que você pode criar um script bash para todos os diferentes bancos de dados e executar esse script a partir do crontab. Também eu gostaria gzip-lo.
Goodluck