Em seu script, coloque essas linhas (observe a parte 2 >):
xrandr --newmode "1600x900_60.00" 118.25 1600 1696 1856 2112 900 903 908 934 -hsync +vsync 2> line1.error
xrandr --addmode HDMI-1 1600x900_60.00 2> line2.error
xrandr --output HDMI-1 --mode 1600x900_60.00 2> line3.error
xrandr --output HDMI-1 --left-of eDP-1 2> line4.error
xrandr --output eDP-1 --pos 1600x236 2> line5.error
Quando você executa o script, toda vez que 5 arquivos são criados. Como você diz que o erro ocorre às vezes, minha intenção é capturar o erro em um dos cinco arquivos. Sua tarefa é verificar os arquivos e se houver algo neles, mostre-nos o conteúdo. Então podemos analisar o que está errado e esperamos resolvê-lo.