Você deve evitar a edição de arquivos de propriedade do pacote, como xkb/symbols/pc , e, nesse caso, provavelmente não é necessário.
Acho que a opção ctrl:swapcaps pode ser o que você está procurando. A página do manual aplicável é man xkeyboard-config .
Para testar em sua sessão atual, se isso acontecer, execute este comando:
setxkbmap -option ctrl:swapcaps
Para alterá-lo persistentemente, abra o arquivo /etc/default/keyboard para edição e altere a linha
XKBOPTIONS=""
para
XKBOPTIONS="ctrl:swapcaps"