Isso não é exatamente exato. Somente os aplicativos do Metro podem ser escritos usando HTML5 / Javascript / CSS no Windows 8. A Microsoft está apresentando HTML5 / Javascript / CSS como uma das pelo menos duas tecnologias suportadas pelas quais os desenvolvedores podem basear seus aplicativos Metro. (outro é aplicativos baseados em C #). Em ambos os casos, os aplicativos do Metro serão executados em um ambiente especial e usarão o WinRT, que é um conjunto proprietário de APIs e a estrutura de suporte à plataforma que será incluída no Windows 8.
Você pode sempre tentar executar aplicativos 'clássicos' do Windows usando o Wine, mas pelo menos inicialmente, você não deve esperar nenhum suporte para executar aplicativos estilo Metro no Ubuntu. Além disso, a maioria desses aplicativos estará mais próxima de widgets do que de aplicativos completos, e existem várias soluções de widgets para o Linux.