Usando o Ubuntu 16.04.2 LTS, estou vendo um problema que vi em praticamente todos os SO até agora, exceto no Ubuntu, que é que o dock e o menu superior sempre cobrem os aplicativos de tela cheia quando não estão em foco . Estou vendo esse comportamento para uma variedade de coisas, incluindo o VLC Media Player, o Sublime Text 3, o Google Chrome no YouTube e o Twitch.
Também não parece acontecer por um tempo após a inicialização. Como por 20-30 minutos está tudo bem, e de repente eu vou abrir um novo vídeo ou assim e ele vai parar de funcionar corretamente. Também é intermitente quando está ligado, por vezes consegui voltar a focar algumas vezes e fazê-lo funcionar de novo.
Alguém já experimentou isso e alguém sabe como corrigi-lo? É realmente muito irritante.
Atualizar
Parece que, se você tiver um aplicativo de tela cheia em um monitor, fazer outro aplicativo em tela cheia em outro monitor fará com que o problema "pare". Assim, parece que quando uma aplicação de tela cheia é focada, um sinalizador de sistema é definido, o qual diz para a barra de tarefas se esconder. Não tenho certeza neste momento se esse comportamento pode ser substituído.