Eu não estou usando exatamente o Ubuntu (mas debian), e o gnome 3.14, e tive muitos problemas com a desativação do manuseio de desktops pelo nautilus. As entradas do Gconf estavam faltando e a ferramenta Tweak não tinha a opção "Ter o gerenciador de arquivos manipulando a área de trabalho". E a opção rotulada: "show desktop icons" não funcionou.
No gnome3, por padrão, o nautilus não está lidando com a área de trabalho, portanto, se você desativar sua configuração do gnome3, ela retornará aos padrões e ao comportamento desejado. Se você estiver usando o xfce ou outro ambiente de desktop, há uma boa chance de não perder essas configurações.
Instruções sobre como deletar (ou backup!) elas estão aqui: Como faço para redefinir o GNOME para os padrões? , ou apenas execute isso irá apagar toda a configuração do gnome3 :
rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity .cache .dbus .dmrc .mission-control .thumbnails ~/.config/dconf/user ~.compiz*