Eu tive um problema semelhante com o Substance Designer, e acabei adicionando o argumento --scripts à instrução alien e o pacote deb resultante rodou sem problemas. O comando completo seria algo como ...
sudo alien --scripts -d PackageNameHere.rpm
Os logs do DPKG também podem conter algumas pistas. Se isso não funcionar, você pode tentar instalar o Alien adicionando a -i ao comando.