Sinto muito se entendi mal sua pergunta. Você quer configurar um servidor e não tem certeza sobre como estruturar diretórios e como implementar o RAID?
Por favor, permita-me ir apenas responder é uma coleção de itens não classificados, esperando que alguns seriam úteis.
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Se o seu sistema tiver hardware RAID. Use isso. Quando você tem 2 discos, a única opção sensata é o RAID1. Quando você usa o software RAID, você deve cobrir toda a sua instalação, e não parte dela.
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Eu recomendaria instalar o LVM. Eu não fiz isso no meu primeiro servidor. Ele permite que você altere sua configuração de disco a qualquer momento após a instalação. Mesmo enquanto o sistema está funcionando. É bom ter
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Eu instalo em todos os meus servidores um desktop, ou seja, Xubnutu-minimal. Dessa forma eu poderia logar remotamente com 'ssh -X servername' e usar editores de GUI e gerenciadores de arquivos. Para algumas tarefas isso é muito mais conveniente. Eu teria instalado a versão para desktop, mas o CD de instalação dos desktops está sem o software de servidor relevante
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Se você instalar o LAMP, terá o apache e o SQL instalados com um clique. Cada serviço é configurado totalmente em execução. Todos os serviços têm seus diretórios de instalação padrão, onde eles esperam que você coloque seus dados. A menos que você tenha uma boa razão para mudar isso, é melhor mantê-lo lá e mudá-lo mais tarde, quando tiver uma boa razão.
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Uma instalação de servidor em si é bem pequena (alguns shows), tudo depende dos seus dados de tamanho de discos. Uma vez que você tenha se familiarizado com o gerenciamento de servidores, descobrirá que pode facilmente espalhar a instalação do seu servidor em vários discos mais tarde. Por exemplo, se o seu servidor de arquivos crescer, você poderá mover um subdiretório ou o diretório completo para outro disco. Então eu recomendo manter tudo em um único disco
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O MySQL coloca todos os seus dados em um arquivo de banco de dados e se comunica com seus usos por meio de consultas SQL ou, mais comumente através de um site que usa scripts PHP ou Perl que consultam o banco de dados MySQL.
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Existem duas maneiras de fazer backup de um servidor. Faça uma imagem do disco inteiro. Ou salve arquivos únicos. O LVM permite criar um instantâneo de dados e salvá-lo enquanto o sistema está em execução. Salvar arquivos exigiria o encerramento dos serviços ou um backup inconsistente. O MySQL requer que você vá para a ferramenta Maintenace (um site) e salve o banco de dados em um arquivo. Isso pode ser feito backup.
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Existem ferramentas que podem ser usadas para backup. É altamente recomendável instalar uma ferramenta que execute um backup regular (ou seja, diariamente) do servidor.
Se você é muito novo em servidores Linux, posso recomendar o "Ubuntu Server Book". É muito legível e oferece uma visão geral muito boa do servidor, ferramentas para usar e problemas que você pode encontrar. Isso teria me poupado algumas horas pesquisando quando eu teria comprado antes.
Felicidades CatMan