Eu não posso falar com o motivo exato pelo qual seu sistema está reagindo dessa maneira, mas, no que se refere a erros gerais na configuração, você está perdendo a seguinte linha no seu arquivo vimrc :
call vundle#end()
Esta linha precisa estar no final do seu vimrc config se você for usar o Vundle. Para algum contexto, confira o doc do Vundle oficial.
Não tenho certeza do tipo de problemas que essa linha ausente pode causar, mas é a primeira coisa que eu corrigiria se fosse você.