Eu compartilhei minha pergunta no facebook e recebi um ponteiro que, no começo, pensei que seria totalmente irrelevante, mas na verdade me apontou para a solução.
Adicionei o seguinte ao meu ambiente X e iniciei um novo xterm, que não sofria mais com o problema ALT.
% bl0ck_qu0te%A solução foi através do seguinte, onde alguém adicionou manualmente true ao seu próprio ambiente: link
Parece que no meu caso, o novo sistema tem isso como o padrão do sistema, que eu preciso substituir. Embora eu imagine que haja uma solução mais elegante.