No caso de Shotwell e Geary (e provavelmente muitos outros aplicativos), o suporte à libunidade é uma opção de tempo de compilação definida quando você executa ./configure. Dessa forma, é habilitado quando o Ubuntu o constrói, mas outras distros podem deixá-lo se quiserem.
Infelizmente isso significa que os derivados do Ubuntu que não usam a libunidade têm que reconstruir o .deb sem suporte ao Unity, ou usar o pacote oficial compilado pelo Ubuntu e aceitar que ele requer um pacote desnecessário.
Tenha em mente que a libunidade não é Unidade. Por exemplo, o Elementary OS usa a libunidade para seu próprio dock customizado para exibir badges no topo dos ícones.
O que isso tem a ver com tornar o Ubuntu "cada vez mais parecido com o Windows" está além de mim, especialmente porque o Windows não possui um sistema de gerenciamento de pacotes.