A recomendação padrão é criar um novo sistema de arquivos para "formatar" a unidade, em vez de tentar excluir arquivos que você saiba ou pense estar infectado por vírus.
Você pode fazer isso com várias ferramentas, conforme ilustrado no link, que sugeriu como ' possível duplicado '. (Mas há muitos outros motivos para criar um novo sistema de arquivos.)
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Normalmente, basta criar um novo sistema de arquivos para se livrar do vírus. Este é o caso se o vírus tiver arquivos infectados.
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Mas se o vírus infectou o carregador de inicialização ou a tabela de partições, você também deve limpar essa parte da unidade.
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E se o vírus tiver infectado o processador interno da unidade USB, não acho que haja ferramentas disponíveis para usuários normais (como você e eu) que possam remover o vírus.
Então, se você precisa de um nível muito alto de segurança, você deve destruir o pendrive fisicamente.
Caso contrário, você pode usar o mkusb para restaurar a unidade para um dispositivo de armazenamento padrão . Isso substituirá o primeiro megabyte da unidade (o carregador de inicialização e a tabela de partições) e criará uma nova tabela de partição do MSDOS e um novo sistema de arquivos FAT32. Isso deve ser suficiente para a maioria dos casos.
Veja este link: help.ubuntu.com/community/mkusb
Se você quiser aumentar o nível de segurança mais uma etapa, poderá limpar todo o dispositivo (substituir com zeros) antes de restaurá-lo para um dispositivo de armazenamento padrão. Custa o desgaste da unidade, mas há o benefício adicional, que a velocidade pode ser restaurada para quase a velocidade original. Veja também este link .