Consegui resolver esse problema adicionando os arquivos necessários à área de preparação
stage:
- usr/local/BerkeleyDB.4.8/lib/*
- usr/local/BerkeleyDB.4.8/include/*
e, em seguida, apontando para eles usando a variável de ambiente $ SNAPCRAFT_STAGE.
build: |
./autogen.sh && ./configure LDFLAGS='-L$SNAPCRAFT_STAGE/usr/local/BerkeleyDB.4.8/lib/' CPPFLAGS='-I$SNAPCRAFT_STAGE/usr/local/BerkeleyDB.4.8/include/'