Assumindo que esta é uma máquina antiga (2011 ou anterior para intel, não tenho certeza para a AMD), as pistas PCI usadas para a placa de vídeo geralmente também são usadas para gráficos integrados. Depois disso, o iGPU foi colocado no mesmo chip para a maioria das máquinas de extremidade inferior, então isso não seria um problema.
Mesmo se você tivesse gráficos "on die", as configurações da BIOS que você precisa alterar podem não ser visíveis - isso seria chamado de algo como " Multi-monitor iGPU "
Meu palpite é que seu vídeo a bordo está ficando desativado quando você instala seu cartão discreto. O Ubuntu não tem culpa - as chances são de que o hardware se comporte como se ele fosse projetado para "proteger" o usuário (o Windows não gostava de instalar placas de vídeo diferentes até ... acho que o Windows 7) e economizar em PCIe.