Então acabei resolvendo esse problema com relativa facilidade. Primeiro eu precisava ir para ~/.local/share/applications
e remover o arquivo .desktop do KeePass. No entanto, o aplicativo ainda estava aparecendo e, por isso, verifiquei a pasta novamente e também examinei o diretório de vinhos. Com certeza, dentro de ~./local/share/applications/wine/Programs
havia um arquivo KeePass.destop. Depois de remover esse arquivo, o aplicativo foi finalmente removido do meu traço!