Antes de tentar qualquer alteração, talvez você queira descobrir qual aplicativo está usando o indicador. Pressione Ctrl + Alt + T para ir para um terminal e digite:
dbus-send --type=method_call --print-reply --dest=com.canonical.indicator.application /com/canonical/indicator/application/service com.canonical.indicator.application.service.GetApplications | grep "object path"
Verifique a saída, para ver se o aplicativo está sendo executado com o indicador. A partir daqui, você pode excluir o ícone correspondente indesejado.