O MP4 não suporta áudio PCM (a família de formatos comumente encontrada em arquivos WAV).
A saída do console indica isso imediatamente acima da linha que você mostrou, mas você a omitiu:
[mp4 @ 0x559e59ef2360] Could not find tag for codec pcm_s16le in stream #0, codec not currently supported in container
Suas opções são:
- Saída para um formato de contêiner de saída diferente, como .mov ou Matroska (.mkv), como você já descobriu, ou
- Codifique o áudio para um formato suportado pelo MP4, como o AAC, substituindo
-acodec copy
por-c:a aac
.