problema com runnig GROMACS no Ubuntu

Question

Eu sou novo no Ubuntu. Acabei de instalar o gromacs (versão 5.1.2) no meu Ubuntu (16.04) usando o comando:

sudo apt-get install gromacs

Mas não consigo executar o programa. O arquivo gmx está em /usr/bin  quando eu uso o comando:

source /usr/bin/gmx
bash: source: /usr/bin/gmx: cannot execute binary file

Meu computador Tipo de processador é x86-64.  Eu também tentei instalar gromacs manualmente a partir do link e depois usei o comando:

tar xfz gromacs-version.tar.gz
tar (child): gromacs-version.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
tar (child): Error is not recoverable: exiting now
tar: Child returned status 2
tar: Error is not recoverable: exiting now

Eu não sei qual é o problema e como resolvê-lo! Eu aprecio qualquer conselho.

    

Answer 1

Eu também tive esse problema. No primeiro instalei gromacs de uma instrução que encontrei em um dos clipes do YouTube. Aparentemente eu tive uma instalação bem sucedida, mas quando eu queria rodar o programa, eu tive um erro como o seu:

bash:source: /usr/bin/gmx cannot execute binary 

Depois de muita pesquisa, entendi que a fonte dos gromacs deveria ser:

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 

NÃO

source/usr/bin/gmx 

Finalmente, pude resolver meu problema usando instruções de instalação do site gromacs, mas antes de remover meu Ubuntu e instalar um novo.

Esta é uma instrução que eu usei deste link .

Instalação rápida e suja

• Obtenha a versão mais recente de seus compiladores C e C ++.
• Verifique se você tem o CMake versão 2.8.8 ou posterior.
• Obtenha e descompacte a versão mais recente do tarball GROMACS.
• Crie um diretório de criação separado e mude para ele.
• Execute o cmake com o caminho para a origem como um argumento
• Execute o make, faça check e faça a instalação

Ou como uma seqüência de comandos a serem executados:

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

Isso fará o download e criará primeiro a biblioteca de FFT de pré-requisito seguida pelo GROMACS. Se você já tem o FFTW instalado, você pode remover esse argumento para o cmake. No geral, essa versão do GROMACS estará correta e razoavelmente rápida na máquina em que o cmake foi executado. Se você deseja obter o valor máximo para o seu hardware com GROMACS, você terá que ler mais. Infelizmente, as interações de hardware, bibliotecas e compiladores vão continuar a se tornar mais complexas.

    

Answer 2

% bl0ck_qu0te%

Suponha que

• gromacs-version.tar.gz é um nome de arquivo válido (as versões mais antigas tinham nomes como gromacs-5.1.4.tar.gz , enquanto as versões da série GROMACS 2016 seguem o esquema gromacs-2016.4.tar.gz )
• o arquivo tar compactado não está corrompido
• você está no diretório certo
• o diretório em que o arquivo reside é gravável

tar xfz gromacs-version.tar.gz deve descompactar o arquivo em uma estrutura de diretório com o README, vários scripts e o código-fonte.

Note que descompactar o tar.gz é apenas o primeiro passo na construção do GROMACS. Neste estágio, você está longe de ter um sistema GROMACS utilizável!

Pode ser vantajoso ter uma instalação do GROMACS feita sob medida para o seu próprio sistema, particularmente quando os logs de execuções usando uma compilação do GROMACS instalada via apt contenham dicas como

% bl0ck_qu0te%

No entanto, estou com steeldriver e karel sobre isso: Não!

Instale o GROMACS a partir do gerenciador de pacotes e aprenda a usá-lo antes de iniciar qualquer otimização!

Como steeldriver e karel já mencionaram, source gmx não levará você a lugar nenhum, nem gmx sozinho; -)

A partir da versão 5.0, todas as ferramentas no GROMACS que eram binários separados em versões anteriores, por exemplo, pdb2gmx , agora só estão acessíveis como gmx subcomando!

Minha sugestão é:

1. Use a versão do GROMACS no repo.
2. Trabalhe com alguns tutoriais recentes baseados no GROMACS 5.0 (ou posterior) para se familiarizar com os fluxos de trabalho. Um ponto realmente importante para começar são os tutoriais de Justin A. Lemkul .