Depois de algumas pesquisas, encontrei este tópico descrevendo o mesmo problema (mas para 14.04).
A solução é simplesmente:
sudo apt-get install indicator-appmenu
Não me pergunte por que estava faltando ...
Eu atualizei do 14.04 LTS para o 16.04 LTS e de alguma forma o menu do aplicativo em qualquer janela, não estava mais mostrando.
Eu tentei alterar as configurações na configuração de aparência, mas sem sorte (barra de menu de localização vs barra de título da janela e sempre visibe).
Existe um problema semelhante aqui, mas envolveu uma nova instalação e nenhuma das respostas funcionou para mim.
Como posso recuperar meu menu de aplicativos?
Depois de algumas pesquisas, encontrei este tópico descrevendo o mesmo problema (mas para 14.04).
A solução é simplesmente:
sudo apt-get install indicator-appmenu
Não me pergunte por que estava faltando ...