Eu encontrei o problema. Eu corri htop e descobri que o gnome-settings-daemon usa 99% da CPU. Do que eu encontrei esta resposta link e ajudou.
Mudança de idioma de entrada do Ubuntu 16.04 para de funcionar depois de alguns comutadores (duas, três vezes) Eu tentei reinstalar o suporte a idiomas, tentei reinstalar o ibus, talvez haja uma maneira de eu poder reinstalar o alternador de idiomas?