Eu não recomendo que você remova qualquer coisa manualmente da pasta / usr, mas se você REALMENTE não quiser ouvir minha recomendação, você pode remover com este comando:
sudo rm /usr/share/applications/XnRetro.desktop
Mas eu realmente não recomendo que você remova coisas de / usr sem remover o que estiver instalado lá, porque às vezes pode causar problemas.
Você pode querer considerar como uma alternativa mover o arquivo para que ele tenha uma extensão .old. O método descrito em outra resposta aqui , por Daniel , explica como fazer isso usando este comando:
sudo mv /usr/share/applications/XnRetro.desktop /usr/share/applications/XnRetro.desktop.old