Eu tive um problema semelhante com as teclas de mídia (mudo, reproduzir, pausar) depois de instalar a interface do Unity em uma instalação 17.10 limpa. As teclas de mídia funcionaram bem na tela de login e na área de trabalho da interface do Gnome.
Eu instalei o Gerenciador de configurações de configuração do Compiz
sudo apt install compizconfig-settings-manager
ccsm
e desabilitou o plugin Comandos . Depois disso, as teclas de mídia parecem estar funcionando bem.