Geralmente, é muito difícil remover um ambiente de área de trabalho [segundo] completamente sem danos no ambiente de área de trabalho original. Eu acho que você tem que viver com essas falhas ou reinstalar o Ubuntu padrão para obter um ambiente de desktop Unity limpo novamente.
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Eu tenho um sistema com o Xubuntu 16.04.1 LTS e o lubuntu-desktop instalado. É executado principalmente como Lubuntu, e funciona bem para mim.
Eu não combinaria o Unity com nenhum outro ambiente de área de trabalho. Em vez disso, eu tentaria outros ambientes de área de trabalho ao vivo, 'Tentar o Kubuntu ...' , ou instalaria um sistema separado em sua própria partição, unidade, computador ou em uma máquina virtual.