Se um aplicativo estiver fazendo o download de algo e eu alternar meu adaptador de rede usando o indicador Unity, o download será interrompido.
Por exemplo, se eu estiver instalando software usando apt e eu ativar o adaptador Wi-Fi e, em seguida, desativar o adaptador Ethernet com fio, o download do pacote será interrompido. Observe que apt não falha nem termina; ele simplesmente pára o processamento se ele precisa continuar baixando os pacotes, e eu tenho que usar o CTRL-C para interrompê-lo.
Os mesmos problemas ocorrem quando estou baixando algo no Firefox ou no Chrome.
Existe uma maneira de fazer com que os aplicativos em execução mudem automaticamente para usar o adaptador de rede recém-ativado e continuar com o (s) download (s)?
O que você está pedindo é chamado de "roaming". Aqui estão duas páginas bastante antigas sobre o Ubuntu, para você ter uma ideia:
Não sei qual é o estado atual do roaming de rede do NetworkManager, mas isso pelo menos fornece as palavras-chave "roaming de rede" a serem pesquisadas. Além disso, você pode ver os gerenciadores de download como o uget e o wget.