A solução é usar o xdg-open
em vez de gedit
no comando Exec da ação. Exemplo:
[Desktop Action Action 1]
Name=My bookmarks
Exec=xdg-open "Documents/my_bookmarks"
OnlyShowIn=Unity
Dica: se você deseja abrir mais de um arquivo com o botão direito do mouse, não é possível fazer isso diretamente no arquivo da área de trabalho porque xdg-open
não permite abrir vários arquivos em um comando. Você tem que fazer um script de shell, com um loop for, assim:
#!bin/sh
for i in "Documents/document 1.txt" "Documents/document 2.txt"; do
xdg-open "$i"
done
Coloque o script no diretório de scripts e use-o na linha Exec da ação da sua área de trabalho.