O Borg Backup dividirá seus dados em partes criptografadas.
Ele também pode criar arquivos versionados e desduplicados, tudo dentro de um repositório de backup. É um pouco difícil de começar (é uma ferramenta de linha de comando), mas está incluído nos repositórios do Ubuntu. Se você usa uma boa senha e faz o upload do seu repositório para o Dropbox ou para qualquer lugar, então ninguém além de você sabe o que há nele. Até mesmo os nomes de arquivos são alterados para nomes de ID de bloco.
Você pode instalá-lo com:
sudo apt-get install borgbackup