Eu fiz isso anos atrás no Red Hat Linux sem problemas (instalado via terminal, é claro). Eu estava fazendo a mesma coisa no Ubuntu 16.04. Eu tenho o tarball mais recente do gnu para gsl e então eu fiz o
./configure
make
make install
e o último passo é onde falhou. O primeiro lugar onde houve um erro foi
/usr/bin/install -c -m 644 gsl_sys.h '/usr/local/include/gsl'
e isso recebeu uma mensagem de erro do sistema como
/usr/bin/install Cannot remove '/usr/local/include/gsl/gsl_sys.h' : Permission denied
Continuou depois disso, finalmente parando onde reclamava que
Recipe for target 'install recursive' failed.