Eu escolheria a opção 1, pois você sempre quer separar os sites o máximo possível. Você provavelmente também poderá hospedar alguns outros sites mais tarde ou talvez vender um dos seus e o novo proprietário deve ter acesso a um, mas não aos outros.
Talvez até vá até:
/home/site
exemplo:
/home/askubuntu.com/public/index.php
Apenas minha opinião - não totalmente certo de que você pode ter pontos no nome da homefolder, senão use sublinhado.