Eu também tive isso em uma máquina que foi totalmente atualizada do Intrepid e o problema não apareceu para um novo usuário fictício que criei para fins de investigação. Foi assim que resolvi:
Eu fiz logoff de unidade, mudei para um terminal virtual pressionando Alt F1 , logado como root, matei todos os processos restantes do meu login usual com killall -u <login> , fez um cd /home/<login> e um mv .gconf .gconf-old . Ao fazer o login novamente, o problema desapareceu com muitos outros pelo preço de perder algumas configurações que considero uma barganha.
Depois de alguns .gconf com .gconf-old com meld , cheguei à conclusão de que algumas configurações pré-natas de compiz eram a causa mais provável, mas sua milhagem pode variar.