A maneira correta de desinstalar o Metasploit é primeiro parar o serviço Metasploit executando ./ctlscript.sh.stop e, em seguida, digite ./uninstall para executar o script de desinstalação a partir do diretório Metasploit.
No seu caso, você pode remover o /opt/metasploit completamente por:
sudo rm -rf /opt/metasploit