Quando há milhões de arquivos minúsculos, a velocidade efetiva cai drasticamente. Um exemplo da vida real seria como se você tivesse que atirar uma pedra de 1gr em vez de uma pedra de 1000gr. Mesma quantidade de material, mas demora muito mais tempo.
Verifique também se você não está usando a interface USB 2.0.
P.S. A clonagem de HDD para SDD não é recomendada devido a alguns problemas de desempenho. É melhor fazer backup dos dados e reinstalar o sistema.