Se você está procurando definir a segurança dentro do próprio PDF, o LibreOffice pode fazê-lo. Use a opção Export as PDF no menu File . A caixa de diálogo resultante tem uma aba chamada 'Segurança':
Para a conversão da linha de comando, a página do manual sugere que o converso possa ser usado as opções definidas na caixa de diálogo Exportar como PDF do Writer. Então, suponho que você poderia defini-lo uma vez em uma instância do Writer, fechá-lo e usar a opção --convert-to pdf:writer_pdf_Export . Acho que filtros semelhantes podem estar disponíveis para o Draw e outros, mas não tenho certeza. Consulte o link para mais informações sobre como procurar filtros.